docker container 에서 zombie 프로세스 발생 문제

문제

jupyterhub 를 docker 로 실행해 서비스를 제공했다. 각각의 사용자들이 notebook 을 닫지 않은채 single-user server 를 재시작할 경우 zombie 프로세스가 발생했다. bare metal 장비에 직접 jupyterhub 를 설치했으면 발생하지 않았을 문제인데, docker 를 사용해서 발생한 문제였다. 왜 그럴까?

 

설명

jupyterhub 는 user 마다 single-user server process 가 실행된다. 그리고 user 가 notebook 을 실행할 때 마다 single-user server process 의 child process 가 실행된다. 결국 아래와 같은 구조가 된다.

jupyterhub
  L single-user server
        L notebook

docker container 에서 jupyterhub 가 실행중일 때

single-user server 를 재시작하게 되면 실행중인 notebook 의 parent 가 jupyterhub 로 변경된다. docker container 에서 PID 1 로 실행중인 jupyterhub process 가 orphan process 의 종료를 책임져야 하는데 이를 잘 수행하지 못해서 notebook process 는 zombie 프로세스가 된다.

     

docker 를 사용하지 않고 장비에서 직접 jupyterhub 가 실행중일 때

single-user server 를 재시작하게 되면 실행중인 notebook 의 parent 가 system process (systemd, init ..) 로 변경된다. docker container 에서 PID 1 로 실행중인 systemd 혹은 init process 가 orphan process 를 잘 처리해 준다.

 

해결

docker container 에서 jupyterhub process 가 PID 1 로 실행된다는 것이 문제다.

docker run 시 --init 옵션을 주고 실행해 해결할 수 있다.

docker run -d --init ...

--init 옵션 추가 전

root          1      0  0 Oct08 ?        00:01:13 /usr/bin/python3 /usr/local/bin/jupyterhub
user123     313      1  0 Oct13 ?        00:00:28 /usr/bin/python3 /usr/local/bin/jupyterhub-singleuser

--init 옵션 추가 후

root          1      0  0 Oct13 ?        00:00:00 /sbin/docker-init -- jupyterhub
root          6      1  0 Oct13 ?        00:00:07 /usr/bin/python3 /usr/local/bin/jupyterhub
user123      27      6  0 Oct13 ?        00:00:09 /usr/bin/python3 /usr/local/bin/jupyterhub-singleuser

--init 옵션 추가후 jupyterhub 가 PID 1 값이 아닌 다른 값으로 실행되는 것을 알 수 있다.

 

참고 링크

• https://blog.phusion.nl/2015/01/20/docker-and-the-pid-1-zombie-reaping-problem/
• https://docs.docker.com/engine/reference/run/#specify-an-init-process